随着政府对公立医院的改革日渐深入，民营医院市场也受到了很大冲击。这对民营医院既是挑战也是机遇，如果能尽早转变原有模式来转型，将获得较好的市场机会。不过，由于一分民营医院依赖于原有模式过深，难以转型，最终难免失败的命运。
不同于对公立医院的改革是从内外两条线展开的，对民营医院的挑战主要是来自外部。这是因为民营医疗机构的内部监管较严，医疗行为不规范主要来自机构意志而非医生个人。不过，这来自外部的挑战依旧分为两个部分，一是对于民营医疗机构自身竞争力的削弱，另一个是对于民营医院的原有盈利模式的打击。
首先，在对大医院的全方位监管展开之后，对处方的监管将日益加强，随着合理用药这类工具在公立医院的强化，对民营医院的监管也将在后续展开，纳入整体的监管体系，这对主要依赖药品营收的机构来说就产生了较大的压力。而在药价上的严格控制，特别是各地正逐步展开的两票制将对供应链模式产生较大的压力。虽然目前对民营医院没有产生影响，但随着这类措施展开，公立医院的药品价格将会逐步下降。这一方面导致传统的供应链模式无法赚取到原先比例的利润，这导致营收和利润的双降，另一方面，由于公立医院的药价越来越低，民营医院的药价已经没有竞争力，即使面对普通的开药门诊，民营医院的优势也大大削弱了。
另外，DRGs这一有力的控费工具正在部分城市试点，未来极有可能全面推开。由于DRGs是打包付费，这有力的遏制了通过对住院病人开具大检查和非必须昂贵治疗手段来做大营收的现有模式，虽然目前主要在公立医院试点，但随着医保全面采用这一支付模式，对民营医院的压力将较大。而且，根据国际经验来看，一旦医保这一主要支付方采取DRGs之后，商保也将随后跟进，这意味着高端医院在未来也有可能受到较大的控费压力，这对高端民营医院的中长期发展将形成一定的制约。
其次，随着各地医联体的建立，大医院和各个层级的基层结成了联盟，虽然这类联盟大部分并没有太大的实效，但却有效的成为了大医院扩张的工具。面对医联体形式的大医院扩张，民营医院也将面临较大的挑战，特别是伴随着政策的高压，名医到基层的多点执业和各类新型服务模式的展开，病人获取大医院的服务相对要容易和更为便宜，不必再来民营医院。
再次，随着分级诊疗的展开，部分基层医疗机构，特别是某些城市的社区医院和部分被托管的乡镇卫生院，这些机构受到政策的支持和自身能力的提升，对用户的吸引力大大提升，而且，有些基层医疗机构在服务能力上也进行了很大的提升，这直接和具有良好服务的民营医院展开了竞争。平心而论，提供优质医疗服务的民营医院，更多承担的是国外传统基础医疗的角色，一旦中国薄弱的基层医疗获得发展，这类机构的发展势必受到冲击。
总体来看，医改对民营医院的冲击是较大的，特别是对那些以药养医的模式和高营销成本获客的模式。华润医疗收购凤凰医疗表明了供应链模式的隐忧日益迫近，以供应链模式起家的凤凰医疗为抵御风险不得不寻找靠山，以时间换取空间，最终将不得不转型。目前受影响较小的仍是高端医疗模式，由于这部分医院的用户群相对稳定，而且公立体系很难满足其需求，这部分用户迁移的可能性较小。但高端医疗服务的最大挑战是市场非常狭窄，很难大规模扩张，不会是未来发展的主流模式。
从上述的分析来看，医改对医院投资的最大挑战是原有投资逻辑的解体，投资者需要转换思维，顺着市场的趋势重新形成新的投资理念，而把握新的市场趋势并不容易，在对市场的判断上，市场分歧较大，这就构成了医院投资的巨大挑战。