门诊保障分层缺口
在门诊上，目前医疗主要有两方面缺口。首先是门诊在基础和专科治疗服务上缺乏区分。由于中国没有成熟的基础医疗服务体系，病人无论病情轻重都首选大医院就诊，而且有相当一部分病人倾向于寻找专科名医诊断日常疾病，理由是这可以让他们更加放心。
缺乏服务上的区分导致门诊往最贵的大机构倾斜，直接推高了门诊总体支出。尤其对于城镇职工来说，他们的常规医疗门诊费用是通过个人账户支出的，虽然个人很难算出门诊费用里有多少比例是过度医疗和不合理用药，但大医院近年来为了扩张而进行的大检查大处方无疑在个人门诊支出上带来了浪费，这对整体医保基金和个人账户都造成了压力。
另一方面，缺口也体现在门诊基础治疗和专科治疗的保障上。一个以风险防控为核心的保障体系应该有两个核心：一是通过风控设计及各种支付规则为真正有需求的生病人群，尤其是重病人群提供足够的保障。二是通过各种健康干预手段将疾病风险控制在早期，确保能够及早发现疾病并提供合理治疗，避免或拖延疾病发展到开支最大的阶段。中国目前的医疗体系这两点都很缺乏。
这体现在门诊上主要有两个困境。一是总体对开支加大、风险较高的疾病的门诊治疗（或称门诊大病）保障倾斜度仍然不够，各地的差异也很大。目前各地门诊大病自付金额在500元到1,700元不等，报销比例从40%到80%不等，按病种支付限额在5,000到35,000不等，相比逐年增长的医疗费用，大病的保障程度其实并不够。再加上大病治疗中存在不少医保本身不覆盖的项目，其实个人自付的比例仍然很高，风险很大。
针对慢性病、特殊病种门诊治疗的精细化倾斜至关重要。门诊除了基础医疗的作用，更有分担慢性病长期治疗和大病后治疗的重要意义，如果能在这一点上管理好门诊的服务和支付规则，将基础医疗和专项治疗的保障程度上有所区分和倾斜，将有助于降低个人风险，并让医保基金更有效地使用。
同时，正因为门诊对大病治疗的保障仍然有不足，导致了第二个困境，就是当同等疾病种类的住院报销比例高于门诊，一些病人和医院会选择住院治疗，这样就进一步推高了医疗费用。虽然在某种程度上个人自费的部分可能因此降低，但整体来看，医保基金的使用效率更低，不利于真正将足够保障提供给有需要的患者。
住院和大病保障不足
医保在住院上的支付比例各地差异很大，从50%到90%不等，可是一旦发生大病，住院报销加上门诊大病仍然保障不够，很多患者因病而穷。因此近年来很多地区展开了针对城镇居民和新农合参保人的大病保障，在医保报销的基础上，采用招标商业大病保险的形式，再根据费用段的不同给与50%到80%的报销，费用越高，报销比例也越高。
这样两层支付体系下，住院和大病的保障仍然有缺口。一是地区性筹资差异导致的实际保障非常不同，人口流出地区的医保基金压力大，大病保障缺口也很大。加上外出务工人员可能选择在就业地进行大病住院治疗，而这些发达地区的医疗费用往往较贵，回到原驻地之后，医保保障的比例有限，患者自身的压力仍然很大。
另一个缺口则是医保不覆盖的部分。大病治疗有相当一部分昂贵药没有纳入医保。这和昂贵药的定价和支付模式有关。昂贵药如果可以通过第三方谈判机制进行量的联盟，加上药效和风险挂钩的机制，用量来换取价格。但目前这些机制都很缺乏，因此在大病上，很多患者因为药品太贵而经济负担很重。
未来的发展趋势一方面是通过国家牵头的谈判，与药企商定药品降价。2016年5月和2017年7月，国家药品价格谈判带动了一些昂贵的新特药进入医保目录。未来这种针对昂贵药的价格谈判可能成为趋势。对于药企尤其是外资药企来说，进入医保将带来使用量的上升，从价格和量来说有利于长期发展。这将为药企带来更多的销量以及患者数据，增加使用范围，对于拓展整体治疗方案，捆绑其他药品销售都可能是铺路的机会。
不过，对于医保来说，虽然昂贵药的价格谈判有助于弥补一定的大病保障缺口，但实际执行中仍然有两大挑战。首先是各地医保能力的差异性将影响到昂贵药实际进入地方医保的操作。各地的医保实力不一样，覆盖高价药的执行节奏和方法也会不同，加上各地的发病率和人口经济结构、自身的保障结构不同，实际操作中的结果会很不一样。
同时，对于医保来说，将重症药品纳入支付范围将惠及更多患者，但在纳入报销的同时必须加强与药品相关的临床路径管理，以避免提高保障同时带来的不合理用药风险。这类药品大都是高价药，在实行药品零差率之后，药品虽然不是医院收入的主要来源，但仍是灰色利益的载体，高价药的使用只有和严格临床路径管理结合起来才能在医保增加覆盖面的同时保证医保资金的合理运用。这会与医保未来的精细化管理路径一致，尤其在一些数据系统还不够完善的医疗机构，药品使用范围加大可能导致浪费。因此，支付方必须相应地增加合理用药的管理力度。